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合肥微尺度物质科学国家实验室是科技部2003年11月批准筹建的五个国家实验室之一。实验室“建设计划任务书”于2004年11月通过了科技部组织的海内外专家的论证。

合肥微尺度物质科学国家实验室是在长期坚持学科交叉与融合的基础上，通过对相关重点实验室资源的优化整合，逐步形成的一个以多学科综合为特点、以国家重大战略需求和交叉前沿领域为导向的新型实验室，其学科领域涉及物理、化学、材料、生物和信息，实现了五大一级学科之间大跨度的整合。

实验室现设有7个研究部和1个公共技术部。凝聚了一支以具备多学科背景的杰出人才为学科带头人、以优秀青年人才为主体的研究队伍和一支高水平的技术支撑队伍。160余位研究人员中，包括11位院士，6位中组部千人计划，14名“长江学者”特聘教授，36位国家杰出青年基金获得者，56位百人计划入选者，7个国家自然科学基金委创新研究群体和6个教育部创新团队。

公共技术部是实验室的技术支持体系，为多学科交叉提供支撑，为加强技术体系的共建、共享，鼓励技术人员开展实验技术与实验方法的创新和先进仪器设备的研制提供了条件，为取得更多原创性科研成果提供必要的技术保障。公共技术部现有理化分析实验室、生物技术实验室、低温强磁场实验室和正在筹建的微纳加工实验室。公共技术部的建立，实现了装备资源的合理配置和使用，大型公共仪器设备统一规划、集中购置和管理，并对国内外开放。