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番禺出入境检验检疫局是根据全国人大常委会通过的国务院机构改革方案中“三检合一”的机改方案，由原番禺进出口商品检验局、原番禺动植物检疫局、原番禺卫生检疫局合并组建而成的，是负责管理番禺区辖区内出入境商品检验、动植物检疫和卫生检疫的行政执法机构，于 1999 年 11 月 26日正式挂牌成立，隶属于广东出入境检验检疫局，为垂直管理。
番禺出入境检验检疫局的成立，是政府机构改革的一部分。改革目的是逐步建立起与社会主义市场经济体制相适应、与国际通行做法相符合、依法把关、监管有效、方便进出、管理科学的新体制，标志着番禺检验检疫事业进入了一个新的历史发展时期。
在新世纪里，番禺检验检疫局的全体干部职工将以邓小平理论为指导，高举“三个代表”的伟大旗帜，依法施检、严格把关、热情服务、为促进番禺对外贸易和地方经济的发展作出应有的贡献。