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生态环境部华南环境科学研究所（简称华南所）成立于1973年，是中华人民共和国生态环境部直属的从事综合性环境科学研究的公益性科研机构，位于广东省广州市。
研究所作为综合性环境科研机构，大力支撑环保部中心工作，面向全国开展前瞻性环境问题研究，水、土、气、环境健康、环境应急和环境信息技术等研究领域。研究所以热带亚热带区域环境问题，沿海开发区和港澳台等发达地区环境问题，河口、感潮河网、海洋等复杂水环境模拟，区域、流域可持续发展，污染控制技术体系等为主要研究方向。
截至2018年12月，生态环境部华南环境科学研究所有在职职工522人，其中博士99人，硕士237人，享受政府特殊津贴专家9人；5个省部级重点实验室，3个省部级工程中心，5个科学观测研究站，1个区域性二噁英监测中心。