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福建省农业科学院作物研究所为福建省公益性研究机构，是以作物遗传育种、分子生物学和栽培生理为主要研究领域的省级作物科学创新机构。主要开展薯类、油料、豆类、玉米、麦类、蔬菜、花卉等作物新品种选育与配套技术，作物营养品质，以及作物种质资源征集、保存、鉴定、评价和利用等方面的研究开发。现有在编职工58人，其中科技人员55人。研究员14人，副研究员11人，助理研究员20人；博士5人，硕士25人；“省百千万人才”4人；国家产业技术体系综合试验站站长2人，福建省产业技术体系首席科学家1人；福建省青年科技奖获得者1人；院创新团队首席专家3人，院“青年科技英才百人计划”1人，院青年拔尖人才7人；科技副县长1人；客座研究员9人；硕士生导师6人。拥有 “农业部闽台农作物种质资源利用重点开放实验室”、“农业部DUS测试福州分中心”“福建省蔬菜工程技术研究中心”、“福建省特色花卉工程技术研究中心”、“福建省农业科学院居家园艺生产性工程化实验室等平台20个多。拥有实验室2000平方米，试验大棚、温网室等设施20000平方米，保存作物种质资源10000多份。建有现代农业科教基地400亩（闽侯青口）、蔬菜综合科研基地180亩（福清东张）。牵头建设省农科院瓜果育种科技创新团队（A类）、粮经作物育种创新团队（A类，联合）、花卉育种创新团队（B类）。
福建省农业科学院花卉研究中心成立于1982年，是国内最早成立的省级花卉科研机构之一，现隶属于福建省农业科学院作物研究所。组建的“福建省特色花卉工程技术研究中心”为福建省唯一的一个花卉科技创新平台。并以此为基础组建了福建省农业科学院“花卉育种科技创新团队”，成员17人，其中高级职称10人，中级职称6人，硕士11人，福建省“百千万人才工程”1人。中心一直致力于热带兰花（文心兰、杂交兰、石斛兰、卡特兰、中小花蝴蝶兰等）、鲜切花（鹤望兰、观赏向日葵等）、球根花卉（小苍兰、荷兰鸢尾等）及木本观花、彩叶植物（牡丹、彩叶树种等）种质资源收集保存、鉴定评价与筛选利用，新种质创制与新品种选育，种苗（子、球）规模化繁育与种业工程，集约化栽培等技术研发与集成。将资源优势转化为品种优势，通过 “福建省花卉产业技术创新战略联盟”、福建省农科院“特色兰花生产性工程化实验室”及“居家园艺生产性工程化实验室”等生产示范平台进行产业推广应用。提升了福建省花卉产业核心竞争力。