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福建省微生物研究所系我国较早成立的从事微生物药物研究的专业科研机构，历来承担国家和省医药科技攻关项目，取得显著的经济效益和社会效益。研究所建有国家新药（微生物）筛选实验室，开展有我国自主知识产权微生物新药的研究工作，创建了福建科瑞药业有限公司，生产经营新型免疫抑制剂等高附加值的微生物药物，并建有福建省微生物药物工程研究中心，开展科研成果工程化技术研究，以推进科研成果实现产业化进程。