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中国药房杂志社现今主办有《中国药房》、《中国医院用药评价与分析》两种期刊和《西部药学》内部连续性资料出版物。《中国药房》杂志是国家卫计委主管，中国医院协会和中国药房杂志社主办的国家级、国内外公开发行药学综合性刊物，1990年创刊，杂志曾获重庆市优秀期刊评比一等奖，并获重庆市首届出版政府奖、卫生部优秀期刊一等奖、第三届国家期刊奖、国家卫生计生委首届优秀期刊奖等荣誉，先后被列入中文核心期刊(2004/2008版)、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）、中国科学引文数据库（CSCD）来源期刊、中国期刊方阵双效期刊，并被中国学术期刊文献总库、美国《化学文摘》等国内外多家重要检索系统收录。